Pendant la Seconde Guerre mondiale, le jeune Mahito Maki subit une déchirante tragédie familiale. Il doit immédiatement s'installer à la campagne, où son père travaille pour une famille d'industriels qui fabriquent des avions pour l'armée japonaise. Mahito commence à explorer les paysages mystérieux en toute solitude. Il rencontre un héron cendré qui s'attache obstinément à ses talons et tombe sur une tour abandonnée dans laquelle il entre, éveillé par la curiosité. Un monde fantastique merveilleux et étonnant s'ouvre à lui.