Janvier 2118. L’inspectrice en chef Akane Tsunemori du Bureau de la  sécurité publique reçoit un rapport sur la découverte du corps de la professeure Milicia Stronskaya, survenue sur un navire étranger. Un groupe appelé «Peacebreakers», une organisation paramilitaire étrangère,  est à l’origine de l’incident. Il est considéré comme une nouvelle menace extérieure qui cherche à s’approprier les documents de recherche de la professeure, connus sous le nom de «document Stronskaya».
Avec Shinya Kogami, un ancien membre du Bureau de la sécurité publique  en exil, Akane est confrontée à une affaire qui prend rapidement des  proportions auxquelles elle ne s’attendait pas. Les révélations liées au  document Stronskaya pourraient bien ébranler le gouvernement japonais et même le système Sibyl jusqu’à la moelle.