Victimes de mutations génétiques, des êtres aux pouvoirs exceptionnels ont fait leur apparition sur la planète. Rejetés par la société, qui les craint, ils sont contraints de vivre plus ou moins cachés. Le professeur Xavier, qui a créé une école spéciale pour accueillir les enfants mutants, mise sur la générosité et la tolérance. Magnéto a, quant à lui, choisi la voie du Mal. Rêvant d'un monde gouverné et dominé par les mutants, autrement dit par les plus forts, il kidnappe un jour une jeune fille, Rogue, qui a le pouvoir d'absorber l'énergie des humains par simple contact. Le professeur Xavier et ses meilleurs élèves, Cyclope, Tornade, Jean Grey et Logan, se lancent à sa recherche...