Dans cette nouvelle aventure, les agents de police Judy Hopps et Nick Wilde doivent suivre la piste sinueuse d’un mystérieux reptile qui arrive à Zootopie et met la métropole des animaux sens dessus dessous. Pour résoudre l’affaire, tous deux doivent se rendre sous couverture dans des quartiers inconnus de la ville. Cette mission va mettre à l’épreuve leur relation personnelle et professionnelle comme jamais auparavant.